Après plusieurs années sans nouvelle, Fred, un linguiste français, reçoit l’invitation mystérieuse d’une ancienne collègue, Anna, partie étudier les mythes tribaux de la jungle amazonienne. Arrivé au village indiqué par la lettre, il découvre les décombres de bâtiments dévastés, dépourvus de toute trace de vie, à l’exception d’une petite fille, Noki, qui tente de retrouver sa mère. Comprenant qu’ils sont tous deux à la recherche de la même personne, le linguiste choisit de la prendre avec lui. Leur enquête va les mener des entrailles des villes fluviales jusque dans les profondeurs de la forêt primaire. Parallèlement, Mano, un guerrier enfermé dans une caverne rituelle en des temps ancestraux, sort de sa prison après une éternité d’isolement. Il fait la rencontre d’une étrange jeune fille, Eli, qui va le guider dans sa découverte de l’Amérique latine contemporaine.